Suurimmat erot on ehkä siinä, että FAT ei tue yli 4 Gt:n tiedostoja ja FAT-osiolle ei voi määrittää suojausasetuksia.
Microsoft ilmaisee asian näin: Mitä tarkoittavat FAT16, FAT32 ja NTFS? FAT16, FAT32 ja NTFS ovat erilaisia Windows XP:ssä käytettäviä tiedostojärjestelmiä. Tiedostojärjestelmä on menetelmä, jota käytetään tietokoneessa olevien tiedostojen nimeämiseen, arkistointiin ja järjestämiseen. FAT16 on Windows 95:ssä käytettävä tiedostojärjestelmä, FAT32 on Windows 98:ssa ja Windows ME:ssä käytettävä tiedostojärjestelmä, ja NTFS on Windows NT:ssä ja Windows 2000:ssa yleensä käytettävä tiedostojärjestelmä. Tärkein ero tiedostojärjestelmien välillä on se, että NTFS on tehokkaampi ja tarjoaa paremman suojan tiedostoille ja koko järjestelmälle kuin FAT32. NTFS-tiedostojärjestelmässä tiedostot voidaan salata paremmin kuin FAT32-järjestelmässä, ja järjestelmä mahdollistaa myös käyttöoikeuksien määrittämisen yksittäisille tiedostoille.
